Вот некоторые идеи, позволяющие сделать курсор более заметным, при помощи простых программ.
Когда нажимается какая-нибудь клавиша, вывести на пол-секунды что-нибудь (большой курсор или маленькое окно) на месте курсора.
Использовать XRecolorCursor для смены цвета курсора каждую 0.1 секунды.
Более ожидаемое решение - это мышиный хвост а-ля windows, т.е. при движении мыши, курсор рисуется на новом месте, а на старом месте стирается только через некоторую задержку. Мышиный хвост лучше всего реализовать в X-сервере, но проще все его сделать как X-клиент, а еще лучше как прокси-сервер (см. "Технические рассуждения").