Я получаю segmentation faults, когда пытаюсь получить доступ к порту.
Т.к. ваша программа не имеет прав root, или по каким-то причинам ioperm() вызвана неудачно. Проверьте значение возвращаемое ioperm(). Также, проверьте обращаетесь ли вы к тем портам, которые разрешили с помощью ioperm() (см. Q3). Если вы используете макросы, добавляющие задержку (inb_p(), outb_p(), and so on), не забудьте вызвать ioperm(), чтобы получить доступ к порту 0x80 тоже.
Я не могу найти функции in*(), out*() определенные где-нибудь, и gcc жалуется по поводу неопределенных ссылок.
Вы не компилировали свою программу со включенной оптимизацией (-O), и, таким образом, gcc не мог разобрать макросы в asm/io.h. Или вы не подключили #include <asm/io.h>.
out*() не делает ничего, или делает что-то непонятное.
Проверьте порядок параметров; они должны быть outb(value, port), но не outb(value, port), как обычно в MS-DOS.
Я хочу управлять стандартным устройством RS-232/параллельным портом/джойстиком...
Вы, вероятно, больше выиграете, используя существующие драйверы (в ядре Linux, в X server или где-то еще), чтобы сделать это. Драйверы обычно универсальные, такие, что даже нестандартные устройства могут работать с ними. См. информацию по стандартным портам, выше даны ссылки на документацию по ним.