Если вы хотите хороший аналоговый ввод/вывод, можете подключить АЦП и/или ЦАП к параллельному порту (подсказка: если у вас маломощное устройство, для питания используйте игровой порт или свободный разъем питания внутренних устройств, выведенный наружу, или же используйте внешний источник питания) или купите специальную карту аналого-цифрового/цифро-аналогого преобразования (большинство из старых/медленных карт управляются через порты ввода/вывода). Или, если вы удовлетворитесь одним или двумя каналами, погрешностью и (возможно) неправильным уровнем нуля, дешевая звуковая карта, поддерживаемая драйвером Linux, должна тоже сработать (и очень быстро).
С точным аналоговым устройством; неправильное заземление может вызвать ошибки в аналоговом входе или выходе. Если у вас есть такой опыт, можете попробовать электрически развязать устройство с компьютером, при помощи оптопары (на всех сигналах между компьютером и вашим устройством). Для лучшей изоляции попробуйте взять питание для оптопары от компьютера (свободный сигнал на порту может дать достаточно напряжения).
Если вы ищете программное обеспечение под Linux для разработки вашей платы, есть бесплатная программа под названием Pcb (по крайней мере, если не делаете ничего уж очень навороченного). Она включен в большинство дистрибутивов Linux и доступна по адресу ftp://sunsite.unc.edu/pub/Linux/apps/circuits/ (имя файла pcb-*).