В своих программах вы не можете напрямую использовать прерывания (IRQ) или DMA. Вам нужно написать драйвер для ядра; для получения дополнительной информации и примеров см. The Linux Kernel Hacker's Guide.
Кроме того, вы не можете отключить прерывания из пользовательской программы.