Различие между "традиционной NIS" и кодом NIS в библиотеке NYS состоит в различии между ленью и зрелостью против функциональности и любви к приключениям.
Код "традиционной NIS" - находится в стандартной библиотеке C и был там довольно долго, но иногда изменялся из-за требований времени и плохой функциональности.
Код NIS в библиотеке NYS требуется для перекомпиляции библиотеки libc, чтобы включить в нее код NYS (или может быть вы можете достать уже готовую версию libc куда уже включен NYS).
Другое отличие состоит в том, что код традиционной NIS имеет некоторую поддержку сетевых групп NIS, которую не имеет код NYS. В других случаях код NYS позволяет вам управлять прозрачно теневыми паролями. Код "традиционной NIS" не имеет поддержки теневых паролей через NIS.
Забудьте все это, если вы используете новую библиотеку GNU C Library 2.x (или libc6). Она имеет реальную поддержку NSS (службу переключения имен), которая делает ее очень удобной и содержит поддержку для следующих карт NIS/NIS+ : aliases, ethers, group, hosts, netgroups, networks, protocols, publickey, passwd, rpc, services и shadow. Библиотека GNU C не имеет проблем с теневыми паролями через NIS.
Выбор между NIS и NIS+ прост - используйте NIS, если вы не должны использовать NIS+ или если имеете проблемы с обеспечением безопастности. NIS+ _гораздо более_ проблематична для администрирования (она красиво и легко управляется на стороне клиента, но со стороны сервера отвратительно). Другая проблема состоит в поддержке NIS+ для Linux, которая находится в состоянии разработки - вам будет нужна последняя версия glibc 2.1.