Проблема состоит в том, что все установленные ОС должны совместно использовать диски, а в начале работы системы BIOS обращается только к первому диску, на котором в самом начале должна быть, так называемая, "таблица разделов". Эта таблица разделов находится в Главной Загрузочной Записи MBR (Master Boot Record) вместе с начальным загрузчиком (boot loader).
Некорректное использование MBR любой ОС может привести к проблемам. При попытке установить любую систему, ответ "да", на вопрос типа "Автоматически разбить диск на разделы?", скорее всего, приведет к трудностям... Это чаще всего происходит с Windows, особенно со специальными установщиками Windows, включаемыми в поставку новых компьютеров (без настоящего дистрибутивного диска с Windows). И, к сожалению, стали уже не редкостью проблемы с "умными" (а на самом деле не очень умными) установщиками Linux в новых дистрибутивах.